Boeykens ha studiato il clarinetto al Royal Conservatory of Music di Brussels. Nel 1965 ha vinto il concorso internazionale di musica contemporanea di Utrecht (Netherlands). Tra il 1964 ed il 1984 è stato clarinettista principale della Radio Philharmonic Orchestra. La sua carriera da solista è stata un vero successo, infatti ha ricevuto inviti per i più importanti festival internazionali: Berlino, Parigi, Salzburg. Sono tante le comparse come solista in orchestra in molte città del mondo: Israele, USA, Venezuela, Jappone e Korea. Ha lasciato la Radio PO nel 1984 per dedicarsi interamente alla carriera da solista. Ha collaborato con vari direttori: Charles Munch, Rafael Frubeck de Burgos, Gary Bestini, Leionard Bernstein, Kames Conlon e molti altri. Dal 1969 è diventato Professore della Royal Flemish Music Conservatory di Antwerp. Nel 1972 diviene Professore de "Académie Internationale d'Été de Nice". Ha insegnato anche in Italia alla scuola di alto perfezionamento a Torino. Nel 1981 ha fondato il Walter Boeykens Clarient Choir formato da tutti gli strumenti della famiglia del clarinetto. Dal 1997 al 2001 è stato in giuria per il concorso internazione Carl Nielsen.